xbs

Una vegada llicenciats, una tesi pot ser una solució contra l’atur (o no). Vist a Vorada.

Moltes vegades tenim un conjunt de molècules i volem seleccionar, en un segon conjunt, aquelles parelles de molècules que més s’assemblen. Per exemple, tenim n molècules que hem vist que són actives per una determinada proteïna i volem buscar fàrmacs que s’hi assemblin (com més semblança, possiblement, millor semblança en activitat).

Quan vaig sentir la noticia que la Generalitat retallaria el sou dels treballadors i treballadores públiques en un 5% de mitjana, vaig patir. Però l’ensurt va durar pot. Cobro d’un projecte europeu, la Unió Europea dóna una partida de diners a l’entitat pública que em té contractat per contractar personal (a banda d’altres partides per material, dietes i altres coses similars). El mateix vaig pensar per la resta de companys i companyes del grup. Tots estem igual, cobrant de projectes europeus. Il·lús, no n’aprendré mai.

La malària és una malaltia que mata més d’un milió i mig de persones l’any. És una malaltia oblidada, els tractaments són antics i, en mols casos, presenten resistències que els fan inútils. La provoquen els paràsits del gènere Plasmodium i es transmet a través de la picada d’un mosquit.

A finals de mes es tanca un projecte europeu en el que he treballat des del setembre de 2008. Ara estem tancant alguns temes que encara teníem oberts, testejant algunes molècules i preparant els “reports” que cal entregar a la Comissió Europea a principis d’Agost.

És hora de fer balanç. Jo em vaig incorporar al projecte quan aquest ja estava iniciat (va començar al 2007) i, per tant, ja hi havia tot de vicis i maneres de fer adquirits. A més a més, és el primer projecte europeu del que participo, per tant, no puc comparar. Però sí que crec que tinc prou criteri com per saber si les coses s’han de fer així o no.

Fins ara, sempre que volia generar imatges per molècules, ho feia amb pybel. De fet, ho seguiré fent servir. És fàcil, senzill i lliure. Però a vegades hi ha algun problema amb la qualitat de les imatges generades, àtoms que se sobreposen, angles una mica dubtosos. En aquests casos, calen alternatives.

Com a alternativa i gràcies a un company del meu grup (gràcies Xavi!), he trobat una nova manera de fer-ho: amb MarvinBeans, de ChemAxon i fent un script amb python. El sistema no és lliure (MarvinBeans només és gratuït per a usos acadèmics), però és funcional.

Aquest dies he tingut converses interessants amb gent que m’és més o menys propera. Gent vinculada a la recerca acadèmica, pública, de casa nostra. La conclusió és que, si la generació anterior a la meva ho va tenir complicat, la meva encara ho tindrà més. Si la tisorada dels pressupostos d’enguany ens va esverar, doncs, preparem-nos pel que ve per l’any vinent i els següents.

Com funciona una dinàmica molecular?

The Chemical Touch from ignasi on Vimeo.

Sovint, mentre manipulem fitxers sdf ens trobem que volem canviar el títol de la molècula. Moltes vegades, com a títol hi volem posar algun camp de les dades addicionals de la molècula en qüestió. M’he fet un petit script per fer aquesta tasca de manera automàtica i senzilla.

El programet llegeix l’sdf i, molècula a molècula, en llegeix el camp que volguem, l’assigna com a títol i desa la molècula en un nou fitxer. A més a més, agafa el títol original i el desa en un camp “old_title”.

Fa temps que tinc una idea al cap, una idea que ja té un domini .com, que barreja xarxes socials amb química i biologia (i algunes coses més que de moment no diré). Hi ha qui m’ha animat a engegar-la i transformar-la en negoci.

Avui he llegit un article a Nature Jobs que diu que hi ha vida més enllà del món acadèmic. Paral·lelament a Expansión he llegit un altre article que parla de capital risc i empreses 2.0 (sembla que ara és el moment).